Erdély első önálló királya székely-mészárlással kezdte az uralkodását, de megtörnie neki sem sikerült őket

János Zsigmond az első uralkodó, akit a nemzetközi jog szerint erdélyi fejedelemnek nevezhetünk, bár ő sokáig a választott magyar király címet használta. Az Erdélyi Fejedelemség ekkoriban még nem alkotott egységes államot, különböző jogállású területekből és népcsoportokból állt.

A fejedelem, ahogy későbbi utódai is, igyekezett egységesíteni az uralma alá tartozó területeket. Ennek egyik komoly akadályát a régi kiváltságokkal bíró székelyek képezték, akik még Habsburg Ferdinánd magyar királlyal is szövetkeztek, hogy megőrizzék jogaikat​.

János Zsigmond uralkodása apja, Szapolyai János 1540-ben bekövetkezett halála után kezdődött. Az özvegy királyné, Jagelló Izabella és Fráter György kezében összpontosult a hatalom, amíg a fiatal János Zsigmond felnőtt.

1551 és 1556 között Habsburg Ferdinánd uralkodott Erdélyben kinevezett vajdák segítségével. Az erdélyi országgyűlés a török fenyegetés miatt visszahívta Izabellát és János Zsigmondot, de ez nem hozott nyugalmat. Izabella halála után, 1559-ben, János Zsigmond ténylegesen átvette a hatalmat, de politikáját anyja embereire bízva folytatta.

János Zsigmond életében jelentős esemény volt a székelyek lázadása. A székelyek a középkori Magyar Királyságon belül széleskörű autonómiával rendelkeztek, amit a fejedelem az adóztatással próbált megszorítani.

A székelyek fellázadtak a jogaik védelmében, és Habsburg Ferdinánd, valamint Balassa Menyhárt is bátorította őket. A lázadást végül János Zsigmond leverte, kegyetlen megtorlást alkalmazva. A felkelés leverése után a segesvári országgyűlés jóváhagyta a székelyek adóztatását és a földjeik elkobzását, ezzel gyakorlatilag jobbágysorba taszítva őket​

János Zsigmond uralkodása nem csupán a belső stabilitás megteremtéséről szólt: aktív diplomáciai tevékenységet folytatott a szomszédos hatalmakkal, és igyekezett fenntartani a békét a törökökkel. Uralkodása alatt Erdély gazdasága fellendült, virágzott a kereskedelem és a művészetek is.

János Zsigmond 1571-ben bekövetkezett halála után Erdély hatalmas és önálló fejedelemséggé vált. Uralkodása mérföldkőnek számít a magyar történelemben, és öröksége máig hatással van Erdély identitására.

.